Launch4j es un software OpenSource hecho en Java que permite crear ejecutables para programas escritos en ese mismo lenguaje, tiene dos formas de crear eses *.exe, una de ellas es realizando un lanzador que trabaja junto al JAR y otra es envolviendo clases del JAR dentro de un ejecutable, esta ultima opción permite de cierta forma, ocultar el bytecode, aunque no es muy segura, ya que puede ser abierta con cualquier descompresor como winrar.
Video Tutorial de Launch4J
Puedes descargarte el programa asi como el codigo fuente y documentación de su sitio web: http://launch4j.sourceforge.net/
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