Googleando me encontré con una interesante clase java «JpegImagesToMovie» que convierte imágenes JPEG a vídeo MOV de QuickTime, la clase cuenta con muchos métodos disponibles, lo malo es que hace uso de Vector el cual ya esta obsoleto, aún así la clase funciona sin problemas.
Para hacer correr esta clase, dejo el código del Main abajo:
import java.io.File;
import java.net.MalformedURLException;
import java.util.Vector;
import javax.media.MediaLocator;
/**
 * @web https://www.jc-mouse.net/
 * @author Mouse
 */
public class Main {
    static JpegImagesToMovie imageToMovie = new JpegImagesToMovie();
    static String movFile = "video_ponja.mov"; //Nombre del video
    static int screenWidth=480; 
    static int screenHeight=360;
    //direccion donde estan las imagenes JPEG
    static String carpeta_de_imagenes = "C:\\Users\\hijo de satan\\Pictures\\";
    public static void main(String[] args) {
        Vector<String> imgLst = new Vector<String>();  
        //se leen todas las imagenes de la direccion dada y se colocan en el Vector imgLst
        File folder = new File( carpeta_de_imagenes );
        File[] listOfFiles = folder.listFiles();
        System.out.println( "Imagenes JPEG: " + listOfFiles.length );
        for (int i = listOfFiles.length-1; i >=0 ; i--) {
            imgLst.add( listOfFiles[i].getAbsolutePath() );        
        }
        // 
        MediaLocator oml;
        if ((oml = imageToMovie.createMediaLocator( movFile )) == null)
        {
            System.err.println("No se puede construir media locator de: " + movFile);
            System.exit(0);
        }
        //Se crea el video
        try {            
            //Ancho, alto, FPS, lista de imagenes, MediaLocator
            imageToMovie.doIt(screenWidth, screenHeight, 11, imgLst, oml);
        } catch (MalformedURLException ex) {
            System.err.println( ex.getMessage() );
        }
    }
}
Enjoy!!!
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